"Źródło" jest niezwykłym połączeniem miłosnej historii i science fiction. To opowieść o walce, jaką toczy przez stulecia pewien mężczyzna, by uratować ukochaną kobietę. To w gruncie rzeczy trzy przeplatające się historie. Pierwsza rozgrywa się w XVI-wiecznej Hiszpanii, druga współcześnie, trzecia w XXVI stuleciu.

Hiszpański konkwistador szuka Źródła Młodości, które zapewnia nieśmiertelność. Współczesny naukowiec pracuje nad lekarstwem, które mogłoby uratować jego śmiertelnie chorą żonę. Astronauta z przyszłości odkrywa rąbek tajemnicy życia, śmierci i odrodzenia.

Pomysł na scenariusz "Źródła" podsunął Aronofsky'emu opublikowany w "The New York Times" artykuł, opisujący proces starzenia się jako chorobę, którą można będzie w przyszłości leczyć. Jednak bezpośrednim bodźcem do nakręcenia filmu stał się "Matrix". Aronofsky obejrzał go w 1999 roku i jak większość publiczności na całym świecie zachwycił się filmem. "Od razu po skończonym seansie zacząłem zastanawiać się, w którą stronę podąży teraz filmowa fantastyka naukowa? Wachowscy jednym filmem zmienili wszystko, otworzyli nowy rozdział w kinie" - wspomina.