"Cmentarz w Pradze" to szpiegowski kryminał, rozgrywający się w XIX wieku, z bogatym historycznym tłem, dotyczącym między innymi dziejów Włoch i walk o zjednoczenie kraju, prowadzonych przez Giuseppe Garibaldiego. Jednym z najważniejszych wątków, opisanych na ponad 500 stronach powieści, jest działalność służb specjalnych z połowy Europy.

Głównym bohaterem jest urodzony w Turynie, będący na usługach wywiadów kilku krajów fałszerz dokumentów Simone Simonini, obsesyjny antysemita.

Kluczowym momentem jego "kariery" jest sfabrykowanie, a następnie sprzedaż dossier na temat nocnego, konspiracyjnego spotkania rabinów na cmentarzu żydowskim w Pradze, w którym zawarł całą swą nienawiść do Żydów jednocześnie forsując wersję ich rzekomego spisku w celu uzyskania dominacji nad światem.

W ten sposób Umberto Eco przedstawia genezę okrytych złą sławą, sfabrykowanych na początku XX wieku "Protokołów Mędrców Syjonu", które były dla Hitlera jedną z inspiracji zagłady Żydów i elementem nazistowskiej propagandy.

Nienawiść jest wręcz siłą napędową życia głównego bohatera; nienawidzi on masonów i jezuitów, a także kobiet. Powieść, rozgrywająca się w wielu krajach, od Paryża po Amsterdam i Mińsk, pełna jest szpiegowskich intryg wraz z ich licznymi śmiertelnymi ofiarami i opisów gry wywiadów.

Inny aspekt wydarzeń tamtych czasów, opisany na kartach książki to publikacja serii artykułów ze sfałszowanymi dowodami, szkalujących i zniesławiających papieży, na przykład Piusa IX.