Marek Nowakowski urodził się 2 marca 1935 w Warszawie. Studiował prawo na Uniwersytecie Warszawskim. Debiutował w 1957, ogłoszonym na łamach "Nowej Kultury" opowiadaniem Kwadratowy.

Wydał między innymi zbiory opowiadań "Ten stary złodziej", "Benek Kwiaciarz", "Silna gorączka", "Zapis", "Mizerykordia", "Książę Nocy". Jest również autorem "Raportu o stanie wojennym". W latach 90. wydał kilka książek satyrycznych, między innymi "Homo Polonicus" oraz "Grecki bożek". W ostatnich latach ukazały się dwie jego książki "Nekropolis" oraz "Syjoniści do Syjamu".

W drugiej połowie lat 70. Marek Nowakowski był w gronie osób protestujących przeciwko zmianom w konstytucji PRL. W tym okresie był współzałożycielem podziemnego pisma literackiego "Zapis". Był też członkiem Stowarzyszenia Pisarzy Polskich. W 2006 roku prezydent Lech Kaczyński został odznaczony przez prezydenta Lecha Kaczyńskiego Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski.