Jego rodzicami byli Stefania Zieleńczyk, nauczycielka, tłumaczka, autorka książek dla dzieci i Stanisław Baczyński, literat, działacz niepodległościowy, członek Polskiej Organizacji Wojskowej, legionista, oficer wywiadu, zaangażowany w III powstanie śląskie. Ich pierwsze dziecko - córka Kamila - zmarła wkrótce po urodzeniu. Drugie imię synowi Krzysztofowi, który urodził się 22 stycznia 1921 roku, nadano mu właśnie po siostrzyczce. Chłopiec od początku był chorowity, miał słabe serce i astmę. Matka wychowywała go właściwie sama, bo Stanisław odszedł do innej kobiety. Do rodziny wrócił ciężko chory, tuż przed śmiercią w 1939 roku.
Baczyński nie był prymusem, na jego szkolnych świadectwach królowały stopnie dostateczne, wyróżniał się tylko w rysunkach, zamierzał nawet wstąpić na Akademię Sztuk Pięknych. Uczęszczał do gimnazjum i liceum im. Stefana Batorego w Warszawie, był w jednej klasie z późniejszymi żołnierzami Grup Szturmowych Szarych Szeregów: Tadeuszem Zawadzkim "Zośką", Jankiem Bytnarem "Rudym", Aleksym Dawidowskim "Alkiem". Razem też przez jakiś czas należeli do 23. Warszawskiej Drużyny Harcerskiej "Pomarańczarnia" działającej przy szkole. Baczyński jednak niedługo utrzymał się w tym środowisku, w liceum przeżywał fascynację ruchem socjalistycznym i wstąpił do Związku Niezależnej Młodzieży Socjalistycznej "Spartakus", półlegalnej młodzieżówki PPS. Czytał Trockiego i pożyczał jego dzieła kolegom, chodził na wiece, pomagał strajkującym nauczycielom, dyskutował o marksizmie.
Powstały w tamtym czasie wiersz "" został opublikowany w związanym ze Spartakusem piśmie "Strzały". Na odwrocie maszynopisu matka Baczyńskiego zanotowała: "". Trzy lata później napisał poemat ")" o powstaniu Spartakusa. Po procesach moskiewskich członków Komunistycznej Partii Polski dopisał do tekstu: "". Fascynacja lewicowością bardzo osłabła po ataku ZSRS na Polskę we wrześniu 1939 r. a rozczarowanie przypieczętowały wieści o zbrodni katyńskiej, które dotarły do Polski w kwietniu 1943 roku.
Podczas okupacji Baczyński pracował jako szklarz, malarz szyldów, węglarz, krótki czas uczęszczał do Miejskiej Szkoły Sztuk Zdobniczych i Malarskich im. Norwida, a od jesieni 1942 studiował polonistykę na tajnych kompletach Uniwersytetu Warszawskiego. Już latem 1940 r. w konspiracyjnym Wydawnictwie Sublokatorów Przyszłości ogłosił swój pierwszy tom poetycki - "". Jesienią tegoż roku pojawił się kolejny tomik - "". Obydwie książeczki zawierały po siedem wierszy i zostały wydane w siedmiu egzemplarzach. Opublikowane dwa lata później "" mieściły już dwadzieścia utworów i wyszły się w stu egzemplarzach, podobnie jak ostatni tom wierszy Baczyńskiego - "", który ukazał się w 1944 roku.
Wprowadzenie w środowisko
W środowisko literackie wprowadzał go Jerzy Andrzejewski, który poznał Baczyńskiego m.in. z Czesławem Miłoszem oraz z Jarosławem Iwaszkiewiczem, w którego posiadłości w Stawiskach Baczyński zaczął bywać. Jak wspominał później w swoich dziennikach Iwaszkiewicz: "".
Anna Iwaszkiewicz pisała w 1947 r. o Baczyńskim: "". Krzysztof chorował na astmę, starał się unikać wysiłku. Tak wspominał go Miłosz: "".
1 grudnia 1941 r. na konspiracyjnym odczycie z logiki Baczyński poznał dziewiętnastoletnią maturzystkę Barbarę Drapczyńską, drobną szatynkę o lekko skośnych oczach. Podeszła do niego pierwsza, chciała poznać młodego poetę, którego wiersz "" dostała w odpisie od kolegi. Pozwoliła odprowadzić się do domu, zaprosiła Krzysztofa na przyjęcie imieninowe. "a" - oświadczył Krzysztof matce po powrocie do domu. W nocy napisał dla niej pierwszy wiersz; opatrzył go dedykacją "". W imieniny, 4 grudnia, po złożeniu życzeń oświadczył się i został przyjęty. Ślub wzięli 3 czerwca 1942 roku o godzinie 10 w kościele Świętej Trójcy na Solcu, na Powiślu. Świadkiem Baczyńskiego był Jerzy Andrzejewski. W ceremonii wziął też udział Jarosław Iwaszkiewicz. "".
Matka pana młodego, od początku przeciwna temu małżeństwu, zasłabła w kościele. Nowożeńcy wprowadzili się do 30-metrowego mieszkania Baczyńskich przy ul. Hołówki 3. Obie panie zdecydowanie nie pałały do siebie miłością. Przyjaciółka Basi, Felicja Sarna, pisała o Stefanii Baczyńskiej: "". W pewnym momencie synowa i teściowa, nie mogąc już wytrzymać ze sobą podzieliły mieszkanie rozwieszając prześcieradła, po jednej z kolejnych awantur Basia uciekła do rodziców. Po tym zdarzeniu Stefania wyprowadziła się do Anina. Krzysztof, jak wynika z zachowanych listów do matki, czuł się winny i nieszczęśliwy, że nie może mieć przy sobie swoich "dwóch miłości".
Przez całe dekady lekceważono i pomijano milczeniem wątki żydowskie w życiu i twórczości Baczyńskiego, uznając je za mało istotne. A jednak wedle obowiązującego w Polsce od września 1939 roku prawa młody polski poeta był uznawany za Żyda, bo miał co najmniej dwoje żydowskich dziadków - rodziców matki, której gorliwy katolicyzm łączono niekiedy z faktem, że była neofitką. O pochodzeniu Stanisława Baczyńskiego niewiele wiadomo, zachowały się jednak informacje, że biegle posługiwał się jidysz i prawdopodobnie, pracując w wywiadzie, zmienił nazwisko.
Kiedy tysiące warszawskich rodzin żydowskich wyprowadzało się do getta, Stefania i Krzysztof postanowili pozostać po aryjskiej stronie, nie założyli opasek z gwiazdą, nie ukrywali się. Tak samo postąpił brat Stefanii, filozof Adam Zieleńczyk, który jednak padł ofiara donosu i 21 lipca 1943 roku został rozstrzelany przez gestapo razem z córkami, kuzynkami Krzysztofa. Dzień później Baczyński napisał słynny wiersz "Pokolenie" z frazą: „".
Egzystencjalne powikłania
Miłosz pisał o Baczyńskim w "": "".
W programie szkolnym polskich liceów wiele lat był wiersz Baczyńskiego zaczynający się od słów "", a kończący się wezwaniem "", który interpretowano jako wiersz o polskości. Światło na intencje poety może rzucić data napisania wiersza - kwiecień 1943 roku, miesiąc wybuchu powstania w warszawskim getcie.
Niedługo później, w lipcu 1943 roku Baczyński wstąpił do AK. Należał do II plutonu "" 2. kompanii "" batalionu "Zośka" w stopniu starszego strzelca pod ps. Krzysztof Zieliński. Brał udział w akcji Tłuszcz-Urle, podczas której wykolejono pociąg niemiecki a w czerwcu 1944 r., w szkoleniu strzeleckim na terenie Puszczy Białej koło Wyszkowa. Poeta nie był dobrym żołnierzem. Rozkazem dowódcy 2. kompanii batalionu "Zośka" pchor. Andrzeja Romockiego z 1 lipca 1944 Baczyński został zwolniony z pełnionych funkcji "z powodu małej przydatności w warunkach polowych" z jednoczesną prośbą o objęcie nieoficjalnego stanowiska szefa prasowego kompanii. Chodziło oczywiście o odsunięcie poety od walki. Baczyński jednak nie skapitulował - kilka dni później przeszedł do harcerskiego batalionu "Parasol" na stanowisko zastępcy dowódcy III plutonu 3. kompanii.
Stanisław Pigoń, literaturoznawca, na wieść o tym, że Baczyński poszedł do powstania, miał powiedzieć: "Cóż, należymy do narodu, którego losem jest strzelać do wroga brylantami".
Przyjaciele Baczyńskiego, już po wojnie, twierdzili, że przeczuwał on własną śmierć. W ostatnim wierszu, który powstał w lipcu 1944 roku, pisał: "". Ostatni wiersz Baczyńskiego opowiada o miłosnej nocy wykradzionej wojnie. Dziewczyna wzywa do siebie żołnierza, który nie może się oprzeć melodii jej głosu, przychodzi i zostaje z nią, odkładając broń. Ostatnie wersy brzmią: "".
1 sierpnia 1944 roku w okolicach Placu Teatralnego Baczyński miał odebrać buty dla oddziału, tam zastał go wybuch powstania. Został odcięty od miejsca, w którym zbierał się jego oddział. Dołączył więc do ochotników, którzy brali udział w udanym ataku na pałac Blanka. 4 sierpnia, gdy pełnił wartę, został postrzelony w głowę. Sanitariuszka Krystyna Sypniewska ps. Stella tak wspominała ten moment: "". Poeta zmarł tego samego dnia.
Basia, spodziewająca się dziecka, podobno nie wiedziała o śmierci męża, zginęła 24 września na Starówce. Matka Krzysztofa nie uwierzyła w śmierć syna. Mówiła, że póki nie ma ciała, jest nadzieja, że żyje, może jest w niewoli. Dopiero w styczniu 1947 r. rozpoczęto ekshumacje w rejonie Ratusza. Zwłoki Baczyńskiego rozpoznano po złotym medaliku św. Krzysztofa z inicjałami KKB. 14 stycznia 1947 r. Krzysztofa pochowano na Wojskowych Powązkach w Warszawie.
Setną rocznice urodzin Baczyńskiego Sejm RP uczcił ustanowieniem go patronem roku 2021. Narodowe Centrum Kultury stworzyło na ścianie budynku przy ul. Solec 85 w Warszawie artystyczny mural, którego bohaterem jest właśnie Baczyński z napisem "I jeden z nas – to jestem ja, którym pokochał. Świat mi rozkwitł jak wielki obłok, ogień w snach i tak jak drzewo jestem – prosty".
Odsłonięcie muralu zaplanowano na piątek, w stulecie urodzin poety.