Jedni uważają go za hochsztaplera albo zwyczajnego wariata, inni otaczają kultem jako ostatniego z wielkich surrealistów, który włączył kontrkulturowe idee w krwiobieg kultury popularnej. A przy tym jest kimś więcej niż artystą. Praktykuje jako psychoterapeuta, jest znawcą i wyznawcą okultyzmu, światowym autorytetem w dziedzinie tarota.
Od dzieciństwa fascynował się teatrem. Za młodu z trupą teatralną zjeździł całe Chile. W 1955 r. w Paryżu wstąpił do teatru pantomimy Marcela Marceau, dla którego napisał zresztą dwie sztuki. W międzyczasie, razem z Mauricem Chevalierem nakręcił swój pierwszy 20-minutowy film "La Crevate", a w 1962 r. z Rolandem Toporem i Fernandem Arrabalem założył eksperymentalny Teatr Paniki, którego spektakle łączyły performance z elementami humoru, gimnastyki i pornografii.
Niedługo potem Jodorowsky wyjechał do Meksyku, gdzie mieszkał m.in. Luis Bunuel. W połowie lat 60., gdy był już znaczącą postacią meksykańskiego teatru, postanowił nakręcić film na podstawie sztuki Arrabala "Fando i Lis". Naturalistyczne sceny przemocy, gwałtu, kanibalizmu, picia krwi to było jednak za dużo jak na wrażliwość zszokowanej publiczności. Jeszcze przed premierą aktorzy oskarżyli Jodorowsky’ego o zmuszanie ich do wampiryzmu, a premiera podczas festiwalu w Acapulco omal nie skończyła się linczem. Film został w Meksyku zakazany, ale otaczająca go aura skandalu otworzyła Jodorowsky’emu drzwi poważnych producentów.
Nakręcony w 1970 r. "Kret" ("El Topo") zarekomendowany przez Johna Lennona i Yoko Ono przez rok był wyświetlany w Nowym Jorku wyłącznie na nocnych seansach, początkując fenomen tzw. midnight movies. W parafrazującej stylistykę spaghetti westernu opowieści o awanturniku mierzącym się z czterema niezwyciężonymi rewolwerowcami Jodorowsky celebruje surrealistycznie zdeformowane westernowe motywy, przechodząc w drugiej części do alegorycznego obrazu upadłej cywilizacji. Podobne dekadenckie obrazy degeneracji, wzmocnione m.in. parafrazą ukrzyżowania Chrystusa i buddyjską mataforyką znalazły się też w kolejnym obrazie Jodorowsky’ego - "Świętej górze" ("La montana sagrada", 1973 r.), którą uważa się za jego opus magnum. Ten film to seria nielinearnych, groteskowych, obscenicznych epizodów wywiedzionych ze znaczeń kart tarota ujęta w ramy rytualnego obrzędu. Jodorowsky z aktorami zamknął się na miesiąc w odosobnieniu, próby urozmaicając sesjami medytacji z użyciem LSD. "Święta góra" doczekała się z czasem statusu absolutnego klasyka undergroundowej kinematografii. Zafascynowany nią Marilyn Manson poprosił nawet Jodorowsky’ego, aby udzielił mu ślubu w filmowym kostiumie.
Jodorowsky w kinie odnalazł idealne medium do przekładania na obrazy własnych obsesji i eksperymentów. Podobne możliwości dostrzegł w komiksie, dla którego porzucił pisanie wierszy i krótkich powieści. W 1973 r., wraz ze znanym komiksowym rysownikiem Moebiusem zaczął prace nad kinową adaptacją "Diuny" Franka Herberta. Miała to być superprodukcja z Orsonem Wellesem, Charlotte Rampling, a nawet samym Salvadorem Dali w obsadzie. Muzykę miała nagrać grupa Pink Floyd. Ostatecznie projekt nie doszedł do skutku, co sam Herbert przyjął z nieskrywaną ulgą, twierdząc, że gdyby film powstał, musiałby trwać co najmniej 20 godzin.
Choć w latach 80. i 90. to na komiksie skupiała się jego twórcza aktywność, artysta powracał jednak do kina. W 1980 r. zrealizował nieudany film "Kieł" ("Tusk"), a po dziewięciu latach przerwy powrócił znakomitą "Świętą krwią" ("Santa Sangre"). Kompletnym nieporozumieniem okazał się za to familijny obrazek "Złodziej tęczy" (1990). Dziś realizuje film "King Shot" pomyślany jako dalszy ciąg "Kreta", w którym główne role zagrają m.in. Nick Nolte i Marilyn Manson. Premiera zapowiadana jest na przyszły rok.
Jodorowsky bez pardonu atakuje chrześcijaństwo, z anarchistycznym zacięciem piętnuje konsumpcjonizm, ośmiesza systemy polityczne. Niektórzy widzą w jego dziełach wyłącznie zestaw lewackich fobii, chaotyczny światopoglądowy zlepek bez logiki. Twierdzą, że szamański sztafaż, teoria porozumiewania się z widzem na poziomie podświadomości mają odwrócić uwagę od myślowej pustki. A jednak jest w tych atakach konsekwentna metoda. Ze scen zbiorowych gwałtów, surrealistycznych deformacji, celebrowanych sekwencji przemocy i okrucieństwa stworzył Jodorowsky autorski ikonograficzny kod wizualizujący jego prywatną obsesję optymistycznej apokalipsy. Wynoszenie Jodorowsky’ego na piedestał i zestawianie z dokonaniami Luisa Bunuela czy Salvadora Dali nie ma sensu, ale awangardzista Jodorowsky jakoś nie chce się zestarzeć i jako ostatni żyjący surrealista wciąż ma coś do powiedzenia.
