Historia zniknięcia i odnalezienia tych kosztowności jest godna sensacyjnego filmu. We wrześniu 1939 roku, gdy do Wilna zbliżała się Armia Czerwona, zawartość skarbca, liczącego wówczas około 270 przedmiotów, została zamurowana w podziemiach katedry. Uczestnicy tej akcji zabrali tajemnicę do grobu. Skrytkę odkryto przypadkowo dopiero po 46 latach.
Gdyby wiadomość o znalezisku dotarła do władz, skarbiec pewnie trafiłby do Moskwy, lub w najlepszym wypadku do Muzeum Ateizmu, na które przerobiono wileński kościół świętego Kazimierza. Dlatego po cichu umieszczono go w katedralnym magazynie. Relikwiarze, kielichy, monstrancje, pastorały i krucyfiksy, z których każdy jest arcydziełem sztuki złotniczej i jubilerskiej, światło dzienne ujrzały dopiero po odzyskaniu przez Litwę niepodległości.
Choć przetrzebiony przez dziejowe zawieruchy, wileński skarbiec wytrzymuje porównanie ze zbiorami katedry wawelskiej i klasztoru jasnogórskiego. Jego wartość historyczna jest bezcenna. Relikwiarz ręki św. Stanisława ufundował król Aleksander Jagiellończyk. Acheiropita czyli wizerunek Chrystusa "nie ludzką ręką uczyniony" anonimowego włoskiego artysty, to kopia jednej z najcenniejszych relikwi chrześcijaństwa.
W ozdobnej, obitej srebrem, księdze wpisów Arcybractwa Imienia Maryi z 1670 roku, znajdują się autografy praktycznie wszystkich liczących się osobistości świeckich i duchownych tamtych czasów, z przyszłym królem Janem Sobieskim i jego żoną na czele. Relikwiarzyk św. Magdaleny de Pazzi jest z kolei świadectwem pychy magnackiego rodu Paców. Ząb i kosmyk włosów świętej, zatopiony w kuli kryształu górskiego, inrustowanej złotem, emalią i diamentami znalazł sie w Wilnie, bo Pacowie twierdzili, że są spokrewnieni z florencką familią Pazzich, a ich wspólny przodek żył w czasach rzymskiej republiki.
Zupełnie inne odczucia budzi prosty, XX-wieczny kielich z pateną, które papież Jan Paweł II ofiarował katedrze podczas pielgrzymki na Litwę w 1993 roku. Zwiedzających wita portret Romualda Jałbrzykowskiego - ostatniego polskiego arcybiskupa Wilna, który musiał mieć coś wspólnego z ukryciem skarbca w katedralnych piwnicach. Żegna - zdjęcie kardynała Backisa, obecnego gospodarza najważniejszej wileńskiej świątyni. To znak, że kulturowe dziedzictwo łączy,a nie dzieli oba narody.
