O przesunięciu daty połączenia dwóch gdańskich placówek ministerstwo poinformowało w komunikacie zamieszczonym na stronie internetowej resortu. W komunikacie tym napisano, że decyzja ta .
Poinformowano także, że minister kultury podjął decyzję po konsultacjach z pełnomocnikiem ds. połączenia muzeów,
6 września minister kultury wydał rozporządzenie, w myśl którego obie gdańskie placówki miały zostać połączone 1 grudnia br. Resort poinformował wówczas, że celem połączenia muzeów jest .
Przeciwko połączeniu placówek, a także momentowi, w jakim miało do niego dojść, protestowała dyrekcja MIIWŚ. Jej zdaniem rozporządzenie wydano z naruszeniem prawa, bo decyzja o połączeniu muzeów została podjęta bez pozytywnej opinii Rady do Spraw Muzeów (zdaniem dyrekcji obowiązek pozyskania takiej opinii nakłada na resort art. 5a ust. 1 i 2 ustawy o muzeach), a inwentaryzacje konieczne przy łączeniu dwóch placówek sparaliżowałaby (będące na ukończeniu) prace przy budowie siedziby placówki i wystawy głównej, co naraziłoby Skarb Państwa m.in. na konieczność wypłaty wykonawcom wysokich odszkodowań.
Na konferencji prasowej zorganizowanej w połowie września dyrektor MIIWŚ prof. Paweł Machcewicz informował, że prace przy budowie siedziby placówki mają zakończyć się zgodnie z kontraktem zawartym z wykonawcą 30 listopada, a montaż wystawy głównej - do 20 grudnia. Machcewicz szacował, że muzeum mogłyby zostać otwarte w lutym 2017 r.
Tuż po wydaniu przez ministerstwo rozporządzenia dyrekcja MIIWŚ skierowała do ministra kultury wezwanie do "usunięcia naruszenia prawa", a – nie doczekawszy się odpowiedzi ze strony resortu, w ostatnim tygodniu przygotowała skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie. Skarga – zgodnie z procedurami, została wniesiona za pośrednictwem ministra kultury i dziedzictwa narodowego.
W połowie września odpowiadając w Sejmie na zapytania poselskie minister kultury i dziedzictwa narodowego Piotr Gliński argumentował, że połączenie dwóch gdańskich placówek odbywa się nie na podstawie ustawy o muzeach, a w oparciu o artykuł 18 ustawy o organizowaniu i prowadzeniu działalności kulturalnej, a tym samym nie wymaga zasięgania opinii Rady ds. Muzeów. Gliński dodał że MKiDN dysponuje dwiema opiniami w sprawie zgodności z prawem swojej decyzji o połączeniu placówek.
Szef resortu kultury podzielił się też w Sejmie uwagami na temat ekspozycji przygotowywanej przez MIIWŚ. Jego zdaniem problemem wystawy jest jej zgodność z polską racją stanu i polityką historyczną państwa. Gliński podkreślał, że ekspozycja, nad którą prace właśnie dobiegają końca, koncentruje się na ukazaniu okropności wojny. "Tak. Muzeum II Wojny Światowej powinno wyrażać sprzeciw przeciwko wojnie, ale nie tylko. W tej koncepcji musi być wyrażone także w większym, czy głębszym sensie tego słowa stanowisko tych polityków, którzy obecnie mają mandat społeczny dotyczący polityki historycznej" - przekonywał.
Plan budowy w Gdańsku Muzeum II Wojny Światowej ogłosił we wrześniu 2008 r. rząd Donalda Tuska. Działkę pod budowę placówki podarowało miasto Gdańsk. Muzeum Westerplatte i Wojny 1939 zostało powołane przez resort kultury w grudniu ub.r. W połowie kwietnia br. ministerstwo zapowiedziało, że nosi się z zamiarem połączenia obu muzeów w jedną placówkę.
Po ogłoszeniu planów resortu, z apelem o powstrzymanie się od połączenia dwóch gdańskich muzeów wystąpiły do ministra kultury m.in. gdańska Rada Miasta, Kolegium Programowe MIIWŚ, Polski Komitet Narodowy Międzynarodowej Rady Muzeów oraz liczni historycy, przedstawiciele środowisk kombatanckich, a także osoby, które przekazały MIIWŚ rodzinne pamiątki.
